Analisis Proteomik Cairan Sinovial Sendi Domba: Efektivitas Metode dan Profil Protein Fungsional

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi metode deplesi dan digesi protein, serta menganalisis proteom cairan sinovial (SF) sendi pada domba sehat menggunakan kromatografi cair–tandem spektrometri massa. Cairan SF dikoleksi dari enam ekor domba garut betina, umur ±4 tahun, berat 35-40 kg, dan sehat secara klinis. Deplesi protein berkelimpahan tinggi dilakukan dengan metode spin column menggunakan TOP 12 dan metode proteospin, sementara digesi protein dengan tiga metode, yaitu digesi in solution, in gel, dan in-solution + filter-aided sample preparation (FASP). Metode yang terbaik kemudian dilanjutkan dengan fraksinasi peptida menggunakan ultra performance liquid chromatography. Metode deplesi proteospin dengan digesi protein in-solution + FASP merupakan metode terbaik berdasarkan nilai coverage dan sequest HT. Hasil analisis proteomik terkarakterisasi 52 protein pada database spesies domba. Anotasi gen ontologi menggunakan DAVID analysis menunjukkan bahwa protein-protein SF tersebut merupakan komponen sel terutama sebagai eksosom ekstraseluler, fungsi molekuler sebagai aktivitas inhibitor endopeptidase tipe-serin dan pengikat ion kalsium; serta proses biologis sebagai angiogenesis dan koagulasi darah atau pembentukan fibrin. Analisis KEGG pathway menunjukkan protein SF berperan utama pada jalur kaskade koagulasi dan komplemen.