Incidence of Bacterial Grain Rot Disease, Identification, and Diversity of Burkolderia glumae in Some Rice Varieties in West Java

  • Ani Widarti Institut Pertanian Bogor
  • Giyanto Giyanto Departemen Proteksi Tanaman Institut Pertanian Bogor
  • Kikin Hamzah Mutaqin Departemen Proteksi Tanaman
Kata Kunci: Burkholderia glumae, fenotip, genotip

Abstrak

Penyakit busuk bulir padi oleh bakteri Burkholderia glumae perlu diwaspadai termasuk di Jawa Barat sebagai salah satu sentra produksi padi nasional. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan insidensi penyakit, identitas dan keragaman bakteri B. glumae pada beberapa varietas padi di Provinsi Jawa Barat. Pengamatan insidensi penyakit dan pengambilan sampel dilakukan di 9 kabupaten. Bakteri diisolasi dari bulir padi yang bergejala busuk bulir kemudian dilakukan uji biokimia dan fisiologi yang meliputi uji Gram serta uji pertumbuhan pada pH 4.8, dan NaCl 2%. Variasi fenotipik diamati dari warna koloni pada medium S-PG, produksi toksofalvin, respons hipersensitivitas pada daun tembakau, dan uji patogenisitas pada tanaman padi. Primer spesifik JLBgF/JLBgR dan primer universal 16S rRNA, yaitu 27F/1492R digunakan untuk menentukan identitas bakteri secara molekuler. Insidensi penyakit di lapangan berkisar antara 0–73.3%, tertinggi di Kecamatan Dawuan (Karawang) pada var. Mekongga. Berdasarkan uji biokimia dan fisiologi diperoleh 29 isolat terkonfirmasi sebagai B. glumae. Hasil pengamatan fenotipik menunjukkan 10 isolat tergolong koloni tipe A, 19 isolat tipe B; 25 isolat menghasilkan toksoflavin; 29 isolat menimbulkan respons hipersensitivitas pada daun tembakau dan gejala hawar pada tanaman padi. Identifikasi menggunakan primer spesifik dan universal membuktikan 29 isolat adalah B. glumae. Analisis keragaman genotip menunjukkan bahwa isolat KRCH-2 (Karawang) dan INCH-6 (Indramayu) memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan B. glumae asal Cina dan Amerika

Unduh

##plugins.generic.usageStats.noStats##

##submission.authorBiographies##

##submission.authorWithAffiliation##
Mahasiswa Sekolah Pascasarjana program Studi Fitopatologi Institut Pertanian Bogor dan Pengendali Organisme Pengganggu Tumbuhan di Balai Besar Peramalan Organisme Pengganggu Tumbuhan
##submission.authorWithAffiliation##
Staf Pengajar Departemen Proteksi Tanaman Institut Pertanian Bogor
##submission.authorWithAffiliation##
Staf Pengajar Departemen Proteksi Tanaman Institut Pertanian Bogor

Referensi

Accuweather. 2018. Indonesia cuaca. Tersedia pada https://www.accuweather.com. diunduh pada 17 Juli 2019.

Baharuddin, Harniati R, Faisal F. Yani A. Suparni, Hamid H, Kuswinanti T, Jahuddin R. 2017. Keberadaan penyakit busuk bulir (Burkolderia glumae) pada tanaman padi di Sulawesi Selatan. Prosiding Simposium Nasional Fitopatologi. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Hlm 19–16.

Bo Z, Lou MM, Huai Y, Xie GL, Luo JY, Xu LH. 2008. Isolation and identification of Burkholderia glumae from syptomless rice seeds. Chin J Rice Sci. 22(1):82–86.

Chun W, Jones JB. 2001. Gram negative bacteria: Burkholderia. Di dalam Schaad, NW, Jones JB, Chun W, editor. Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria. 3rd edition. New York (US): APS Press. Hlm 1 – 6.

Cui ZQ, Zhu B, Xie GL, Li B, Huang SW. 2016. Research status and prospect of Burkholderia glumae, the pathogen causing bacterial panicle blight. Rice Science. 23(3):111–118. DOI: https://doi.org/10.1016/j.rsci.2016.01.007.

[DBPTP] Direktorat Bina Perlindungan Tanaman Pangan. 1992. Penyakit padi. Laporan Akhir. Jakarta (ID): Direktrorat Jenderal Tanaman Pangan Kementerian Pertanian.

[DPTP] Direktorat Perlindungan Tanaman Pangan. 2018. Petunjuk teknis pengamatan dan pelaporan organisme pengganggu tumbuhan dan dampak perubahan iklim (OPT-DPI). Jakarta (ID): Kementerian Pertanian. Hlm 17.

Fory PA, Triplett L, Ballen C, Abello JF, Duitama J, Aricapa MG, Prado GA, Correa F, Hamilton J, Leach JE, Tohme J, Mosquera GM. 2014. Comparative analysis of two emerging rice seed bacterial pathogens. Phytopathology. 104(5):436–444. DOI: https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0186-R.

Handiyanti M, Subandiyah S. Joko T. 2018. Deteksi molekuler Burkholderia glumae, penyebab penyakit hawar malai padi. JPTI. 22(1):98–107. DOI: https://doi.org/10.22146/jpti.30259.

Jeong Y, Kim J, Suhyun K, Yongsung K. 2003. Toxoflavin produced by Burkholderia glumae causing rice grain rot is responsible for inducing bacterial wilt in many field crops. Plant disease. 87(8):890–894. DOI: https://doi.org/10.1094/PDIS.2003.87.8.890.

Joko T. 2017. Burkholderia glumae sebagai emerging pathogen: status, potensi kerusakan, dan strategi pengendalian. Prosiding Simposium Nasional Fitopatologi. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Hlm 27–35.

Karki HS. 2010. Physiological, biochemical, and molecular characteristic associated with virulence of Burkholderia glumae: the major causative agent of bacterial panicle blight of rice. [Thesis]. Nepal (IN): Institute of Agriculture and Animal Science, Rampur, TU.

Karki HS, Shrestha B, Han JW, Groth De, Barphagha IK, Rush MC, Melanson RA, Kim BS, Ham JH. 2012. Diversities in virulence, antifungal activity, pigmentation, virulence, and DNA fingerprint among strain of Burkholderia glumae. Plus One. 7(9):1–12. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0045376.

[Kementan] Kementerian Pertanian. 2015. Peraturan Menteri Pertanian No 51/Permentan/KR.010/9/2015 tentang Jenis Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina. Jakarta (ID): Kementan.

[Kementan] Kementerian Pertanian. 2018. Peraturan Menteri Pertanian No 31/Permentan/KR.010/7/2018 tentang perubahan kedua atas peraturan meneteri pertanian nomor 93/permentan/OT.140./12/2011 tentang Jenis Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina. Jakarta (ID): Kementan.

Lim JY, Lee TH, Nahm BH, Choi YD. Kim M, Hwang I. 2009. Genome announcement. Complete genome sequence of Burkholderia glumae BGR1. J Bacteriol. 191(11):3758–3759. DOI: https://doi.org/10.1128/JB.00349-09.

Lu W, Pan L, Zao H, Jia Y, Wang Y, Yu X, Wang X. 2014. Molecular detection of Xanthomonas oryzae pv. oryzae, Xanthomonas oryzae pv. oryzicola, and Burkholderia glumae in infected rice seeds and leaves. The Crop Journal. 2:398–406. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cj.2014.06.005.

Nandakumar R, Shahjana AKM, Yuan XL, Dickstein ER, Groth DE, Clark CA, Cartwright RD, Rush MC. 2009. Burkholderia glumae and B. gladioli cause bacterial panicle blight in rice in the southern united states. Plant Dis. 93(9):896–905. DOI: https://doi.org/10.1094/PDIS-93-9-0896.

Pradhaph M, Selvisabhanayakam, Mathvianan V, Ayyapan JVAA, Kumar SS. 2011. Study on 16S rRNA based PCR Method for specific detection on Salmonella entrica typhi from gut of infected silkworm bomyx mori . JSIR. 70(11):909–911.

Tsushima S. 1996. Epidemiology of bacterial grain rot of rice caused by Pseudomonas glumae. JARQ. 30:85–89.

Safni I, Lubis K. 2019. Screening for disease resistance in rice varieties against bacterial panicle blight disease (Burkholderia glumae) in Northern Sumatra of Indonesia. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. 260(1):012118. DOI: https://doi.org/10.1088/1755-1315/260/1/012118.

Wiyono S, Mutaqin KH, Hidayat SH, Supramana, Widodo, 2017. Emerging disease pada tanaman pertanian: strategi dan opsi kebijakan pengendalian. Prosiding Simposium Nasional Fitopatologi. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Hlm 1–11.

Diterbitkan
2020-01-31
Bagian
Articles

The The Effect of Gamma Rays on Local Chilli Infected to Pepper Yellow Leaf Curl Virus Infection (Begomovirus)

Rasiska Tarigan, Diana Sofia Hanafia, Mariati Sinuraya, Susilawati Barus, Agustina E Marpaung,...