Keragaman Genetik Matoa (Pometia pinnata) menggunakan Penanda Molekuler SSR
DOI:
https://doi.org/10.29244/agrob.v13i1.61774Abstract
Indonesia adalah negara yang kaya akan keanekaragaman hayati dengan berbagai jenis spesies tumbuh-tumbuhan. Keanekaragaman tersebut terdiri dari tanaman buah yang salah satunya berasal dari buah Matoa (Pometia pinnata). Matoa merupakan tanaman dari famili Sapindaceae yang tersebar di wilayah tropis. Tanaman matoa banyak dimanfaatkan sebagai obat-obatan tradisional yang diketahui mengandung kelompok senyawa diantaranya flavonoid, tanin, dan saponin. Analisis keragaman genetik matoa menjadi informasi dasar untuk pelaksanaan kegiatan seleksi dan persilangan lanjutan dalam program pemuliaan matoa. Marka mikrosatelit merupakan salah satu metode analisis marka molekuler kodominan. Tujuan dari penelitian ini untuk melakukan seleksi primer ssr untuk analisis kekerabatan 10 aksesi matoa Dramaga dengan 4 outgrup Pometia pinnata kalimantan melalui pendekatan marka mikrosatelit. DNA diisolasi menggunakan CTAB. Sepuluh primer mikrosatelit yang digunakan adalah Pp.e.6402R(L), Pp.e.66857R(L), Pp.e.80271R(L), Pp.e.89451R(L), Pp.e.115726R(L), Pp.e.161167R(L), Pp.e.186462R(L), Pp.e.187105R(L), Pp.e.238124R(L), Pp.e.287861R(L). Amplifikasi mengacu pada protokol ThermoScientific DreamTaq Green PCR Master Mix. Rata-rata alel yang didapat dari 10 lokus yang diuji ± 2. Ditemukan 1 pasang lokus yang memiliki NA paling rendah yaitu lokus Pp.e.287861R(L) yang memiliki alel 1, dan hanya 2 DNA yang dapat diamplifikasi pada 10 pasang lokus primer yang digunakan, yaitu DNA yang berasal dari aksesi IPBA8, IPBA9.
Kata kunci: alel, genetik, keanekaragaman genetik, marka mikrosatelit, tanaman buah
Downloads
References
Bennet, P. 2000. Microsatellites. J. Clin. Pathol. Mol. Pathol. 53(4):177-183. DOI: https://doi.org/10.1136/mp.53.4.177.
Botstein, D., R.L. White, M. Skolnick, R.W. Davis. 1980. Construction of a genetic map in man using restriction fragment length polymorphisms. Amer J Hum Genet. 32:314-331.
Clisson, I., M. Lathuilliere, B. CroauRoy. 2000. Conservation and evolution microsatellite loci in primate taxa. Am. J. Prim. 50:205-214. DOI: https://doi.org/10.1002/(SICI)1098-2345(200003)50:3<205::AID-AJP3>3.0.CO;2-Y.
Dalimartha. 2005. Atlas Tumbuhan Obat Indonesia Jilid 3. Jakarta (ID): Puspa Swara.
Ernawat, E., D. Puspitaningrum, A. Pravitasari. 2015. Implementasi algoritma Smith–Waterman pada local alignment dalam pencarian kesamaan pensejajaran barisan DNA (studi kasus: DNA Tumor Wilms). Pseudocode. 1(2):170-7. DOI: https://doi.org/10.33369/pseudocode.1.2.170-177.
Faatih, Mukhlissul. 2009. Isolasi dan digesti DNA kromosom. J. Penelitian Sains & Teknologi. 10(1): 61-67.
Fuad, A.R.M., I. Ulfin, F. Kurniawan. 2016. Penggunaan agar-agar komersial sebagai media gel elektroforesis pada zat warna remazol: pengaruh komposisi buffer, pH buffer dan konsentrasi media. J. Sains Dan Seni ITS. 5(2):2337-3520.
Furay, A. 2018. Kajian parameter mutu buah matoa jenis kuning (Pometia pinnata) menggunakan pengolahan citra digital [tesis]. Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Furqoni, A.H., A. Yudianto, P. Wardhani. 2017. Pengaruh rendaman air terhadap kualitas DNA pada sperma dengan STR-CODIS D13S317 dan D21S1. J. Biosains Pascasarjana. 19(1):41-54. DOI: https://doi.org/10.20473/jbp.v19i1.2017.41-54
Gupta, H.S., P.K. Agrawal, V. Mahajan, G.S. Bisht, A. Kumar, P. Verma, A. Srivastava, S. Saha, R. Babu, M.C. Pant, et al. 2009. Quality protein maize for nutritional security: rapid development of short duration hybrids through molecular marker assisted breeding. Curr Sci. 96:230-236.
Kumar, P., V.K. Gupta, A.K. Mirsa, D.R. Modi, B.K. Pandey. 2009. Potential of molecular markers in plant biotechnology. Plant Omics Journal. 2(4):141-162.
Moeljopawiro, S. 2010. Marka mikrosatelit sebagai alternatif uji BUSS dalam perlindungan varietas tanaman padi. Buletin Plasma Nutfah. 16(1):1-7. DOI: https://doi.org/10.21082/blpn.v16n1.2010.p1-7.
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka Wirausaha Muda.
Nuraida, Dede. 2012. Pemuliaan Tanaman Cepat dan Tepat melalui Pendekatan Marka Molekuler. Malang (ID): El Hayah.
Rahimah, E., A. Sayekti, Jayuska. 2013. Karakterisasi senyawa flavonoid hasil isolat dari fraksi etil asetat daun matoa (Pometia pinnata J.R. & G.). J. Kimia Khatulistiwa (JKK). 2(2): 84-89.
Refflinur, P. Lestari. 2015. Penentuan lokus gen dalam kromosom tanaman dengan bantuan marka DNA. J. Litbang Pert. 34(4):177-186. DOI: https://doi.org/10.21082/jp3.v34n4.2015.p177-186.
Rusfidra, Y. Heryandi, Jamsari, E.Y. Rahman. 2013. Variasi genetik Itik Bayang berbasis marka mikrosatelit pada lokus AY287 dan lokus AY283. Sains Peternakan. 11:91-98. DOI: https://doi.org/10.20961/sainspet.11.2.91-98.
Soedarmadji, S. 1996. Teknik Analisa Biokimiawi. Ed ke-1. Yogyakarta: Liberty.
Powell, W., G.C. Machray, J. Provan. 1996. Polymorphism revealed by simple sequence repeats. Tren Plant Sci. 1:215–222. Di dalam: P. Kumar, V.K. Gupta, A.K. Mirsa, D.R. Modi, B.K. Pandey. 2009. Potential of molecular markers in plant biotechnology. Plant Omics Journal. 2(4):141-162. DOI: https://doi.org/10.1016/S1360-1385(96)86898-0.
Wambrauw, L.H. 2011. Karakterisasi morfologi dan isozim matoa (Pometia pinnata) [tesis]. Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Downloads
Published
Issue
Section
License
All publications by Buletin Agrohorti is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
