Penentuan Patotipe Molekuler Virus Newcastle Disease: Isolat Lapang di Tiga Wilayah Kabupaten Jawa Timur

  • Erin Kurnianingtyas Program Studi Mikrobiologi Medik, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor
  • Surachmi Setiyaningsih Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner, Fakultas Kedokteran Hewan, Institut Pertanian Bogor,
  • Agustin Indrawati Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner, Fakultas Kedokteran Hewan, Institut Pertanian Bogor,
DOI: https://doi.org/10.29244/avi.5.1.8-15
Keywords: virus newcastle disease, rRT-PCR, fusi, matrik, multibasik

Abstract

Tujuan penelitian ini adalah mengkaji keberadaan dan karakteristik molekuler virus newcastle disease (VND) di tiga wilayah Kabupaten di Jawa Timur. Sampel usapan kloaka diambil dari 289 ekor unggas (262 ekor ayam dan 27 ekor bebek) pekarangan, pedagang di pasar unggas hidup, peternak, dan pengepul di wilayah Kabupaten Probolinggo, Situbondo, dan Bondowoso. Sampel usap kloaka ditumbuhkan pada telur ayam berembrio (TAB) dan deteksi virus dengan Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) matrix (M). Patogenisitas virus ditentukan melalui rRT-PCR Fusion (F) dan sekuen gen F. Sejumlah delapan isolat lapang VND yang didapat, semuanya mempunyai afinitas lebih tinggi dengan serum Komarov dibandingkan dengan B1. Hal tersebut sesuai dengan reaksi positif yang ditunjukkan oleh rRT-PCR F. Analisis sekuen nukleotida menegaskan adanya motif asam amino multibasic pada cleavage site protein F, terbukti dari enam isolat asal ayam dan satu isolat asal bebek memiliki motif 112RRQKRF117, sedangkan satu isolat asal bebek lainnya mempunyai motif112RRRKRF117.

Downloads

Download data is not yet available.
Published
2017-07-10
Issue
Vol. 5 No. 1 (2017): Januari 2017
Section
Penelitian / Research

Copyright (c) 2016 ACTA VETERINARIA INDONESIANA - Indonesian Veterinary Journal

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

This journal provides immediate open access to its content on the principle that making research freely available to the public supports a greater global exchange of knowledge.

All articles published Open Access will be immediately and permanently free for everyone to read and download.  We are continuously working with our author communities to select the best choice of license options, currently being defined for this journal is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (CC BY-SA).